重裝 ROM 個人資料會消失？

XPERIA S 4.1.2 原版rom~
因為第一次root，不小心把一些核心程式移除了~
雖然不影響開機，但有些程式的功能，不是出現錯誤退出就是有數據有誤~
想重新再裝，但有些資料還想要(在手機裡的，不是SD卡的)…
找了別人做的原版 4.1.2 FTF~想重裝進去~但不知是不是資料會消失~

還有原版 ROM 裝法，是想更新一樣嗎？下載 Sony 官方程式更新？還是用網路上的方式刷進去？