WhatsApp 之前加入了點對點訊息加密，大幅提升保安能力，令截取訊息變得更加困難。不過最近有研究人員發現，WhatsApp 雖然加密了裝置間通訊的內容，不過在本機甚至備份檔案之中的訊息就沒有加密。
據 iOS 研究人員 Jonathan Zdziarski 發現，WhatsApp 在訊息被刪除之後，仍然會留有記錄在系統之中，如果手機被他人獲得，也是有重新提取被刪除訊息的可能。而同時有關的備份之中，也有相同的痕跡可以讓人重新獲取已經刪除的訊息，特別是 iCloud 的備份沒有經過強勁加密，如果由 Apple 容許其他人例如政府機構獲得，他們要在備份之中讀取訊息記錄也不是沒有可能。
這個漏洞其實不是 WhatsApp 本身的問題，而是 WhatsApp 使用的 SQLite 不會預設覆寫資料，所以就算訊息被標示為「已刪除」，仍然會留在系統之中，只是用家本身看不見。對於一般的 WhatsApp 用家來說，可以在裝置之間通訊時加密訊息，已經有很大的保安作用，只要小心保存自己的備份和做好手機保安，基本上不會有什麼問題。不過如果可以連備份檔案也加密的話，就可以更加確保不會有百密一疏的情況出現了。