第一個問題是連接 App Store，受影響的用戶不能存取 App Store、不能更新 apps、不能找回下載記錄。就算登出再登入 Apple ID，依然未能修復。部分不幸的用戶，問題更超越 App Store，而是所有用 Apple ID 登入的功能都受影響 例如 Game Center 和 Apple Music。
第二個不少用戶都遇到的重大問題是 Touch ID。有些裝置的 Touch ID 辨識速度變得很慢，或者變得不穩定，最嚴重的是完全沒反應。部分用戶強制重啟後能暫時修復，但再過一陣子問題又再發生。
之前只要由 iOS 9.1 降回 iOS 9.0.2 就能修正以上兩個問題，可是現在 Apple 已經暫停認證 iOS 9.0.2。由於頗多人都受影響，外國大型傳媒 Forbes 甚至直接聯絡 Apple，不過 Apple 暫時不回應。