智慧型手機的新定義使得智慧型手機與傳統功能手機能完全區分開來，不再是之前的模糊關係。但是值得一提的是原本被認為屬於智慧型手機的Symbian OS Series 60v2和Series 60v3因不具備上述智慧型手機定義之特性，故歸類為功能手機；之後諾基亞將產品線中的Symbian OS Series 60v2和Series 60v3替換成了支援觸摸屏的Symbian OS Series 60v5系列來成為自己旗下新的智慧型手機產品。同樣，早期的蘋果iOS系統與微軟的Windows Phone 7不支援智慧型手機應有的多任務處理，是否為智慧型手機系統有許多爭議。但隨後蘋果公司發布的iOS4支援多任務操作；而微軟也發布了支援多任務的Windows Phone 7.5至此兩者都能認定為智慧型手機系統。
iPhone、iPod Touch和iPad是使用名為原名為iPhoneOS的iOS的智慧型手機作業系統，其核心與Mac OS X的核心同樣都源自於Apple Darwin。系統操作佔用大概240MB的外存空間。螢幕的下方有1個home按鍵，底部則是dock，有四個用戶最經常使用的程式的圖標被固定在dock上。螢幕上方有1個狀態欄能顯示一些有關數據，如時間﹑電池電量和信號強度等。其餘的螢幕用於顯示當前的應用程式。啟動iPhone應用程式的唯一方法就是在當前螢幕上點擊該程式的圖標，結束程式則是按下螢幕下方的home鍵。在iPhone上，許多應用程式之間都是有聯繫的，這樣，不同的應用程式能夠分享同一個資訊（如用戶收到了包括1個電話號碼的簡訊息時，可以選擇是將這個電話號碼存為聯絡人或是直接以這個號碼打一通電話）。
Windows CE和Windows Mobile作業系統中間件廣泛分佈在亞洲。這2個變種改善的作業系統，是基於Windows Mobile 6 Professional（用於觸控螢幕設備）和Windows Mobile 6 Standard分別於2007年2月推出。因為進入了門檻較低的第3方國家的開發者編寫新的應用程式平台，所以Windows Mobile享有很大的知名度， Windows Phone 7則在各方面做出了重大革新，擁有全新的UI和開發模式。